PODSTAWY BIOINFORMATYKI SEKWENCYJNEJ

Andrzej Rzepko

III Liceum Ogólnokształcące im. gen. Józefa Sowińskiego w Warszawie
andrzejrzepko@gmail.com

Bioinformatyka jest dziedziną interdyscyplinarną, która łączy biologię z informatyką. Wykorzystuje ona moc obliczeniową komputerów do analizy wyników badań biologicznych. Dane, na których pracują bioinformatycy, to przede wszystkim sekwencje genów oraz kodowanych przez nie białek. Niezmiernie ważna jest też analiza struktur tych biomakromolekuł. W badaniach wykorzystuje się również profile ich ekspresji czy aktywności.  Do adnotacji genomów bioinformatycy wykorzystują rodzinę algorytmów BLAST, dzięki której istnieje możliwość znalezienia potencjalnych homologów genów lub białek w światowych bazach danych. Same bazy danych są dzisiaj niezbędne do prowadzenia efektywnych badań na wielką skalę. Aby jednak mogły działać poprawnie, potrzebne są algorytmy działania dopasowań sekwencji, opierających się m.in. na analizie macierzy punktowych. To z kolei nie byłoby możliwe, gdyby nie sekwencjonowanie umożliwiające nam poznanie kolejności wstępowania par zasad w kwasach nukleinowych. Obecnie stosuje się metody tzw. „nowej generacji”, do których zalicza się m.in. system Illumina. Dzięki analizie DNA możemy poznać relacje filogenetyczne, a także dowiedzieć się, jak regulowana jest ekspresja odpowiednich genów po np. spożyciu nabiału.